1999年某個(gè)東西被卡車運(yùn)出了館山市幾天后哥斯拉登陸了館山特生自衛(wèi)隊(duì)出動(dòng)與之展開了苦戰(zhàn)在戰(zhàn)斗中自衛(wèi)隊(duì)員家城茜（釈由美子 飾）意外害死了戰(zhàn)友葉山二尉（森末慎二 飾）自己卻僥幸活了下來并被派去了資料科 　　另一方面日本政府在柘植真智子首相（水野久美 飾）的指揮下召集了湯原德光（宅麻伸 飾）等科學(xué)家開始研究對(duì)付哥斯拉的G兵器他們以在館山?jīng)_挖掘出來的初代哥斯拉骨骼為基礎(chǔ)用了四年制成了機(jī)械哥斯拉——3式機(jī)龍柘植首相辭職由科學(xué)技術(shù)廳長官五十嵐隼人（中尾彬 飾）就任新首相同時(shí)茜被派去了機(jī)龍隊(duì)擔(dān)任機(jī)龍的操作員 　　就在準(zhǔn)備機(jī)龍測試機(jī)動(dòng)時(shí)哥斯拉又在東京灣出現(xiàn)了機(jī)龍趕赴現(xiàn)場與哥斯拉對(duì)戰(zhàn)卻因哥斯拉的吼聲喚醒了體內(nèi)的野獸靈魂突然暴走在城市中造成了大破壞 　　為了改良機(jī)龍湯原改變了機(jī)龍DNA計(jì)算機(jī)的堿構(gòu)造使機(jī)龍不會(huì)再受哥斯拉叫聲的干擾...